Klebsiella pneumoniae: Генетическое разнообразие и чувствительность к антибиотикам

Аннотация

Klebsiella pneumoniae – один из наиболее частых и проблемных возбудителей нозокомиальных инфекций. В данном проекте представлены результаты исследования циркулирующих в стационарах РФ и Казахстана клинических штаммов K. pneumoniae, включающие:

• данные об источниках выделения изолятов
• молекулярно-генетические характеристики изолятов (принадлежность к клональным группам, SNP-типам, сиквенс-типам, наличие генов приобретенных карбапенемаз, гена rmpA (регулятора мукоидного фенотипа), хромосомного гена колибактина (clbA))
• чувствительность изолятов к антибиотикам различных групп
• данные string-теста для выявления гипермуковязкого фенотипа

Бактериальные изоляты

3956 неповторяющихся (по одному на каждый случай инфекции) клинических изолятов, выделенных в рамках многоцентровых проспективных микробиологических исследований в период с 10 января 2013 г. по 28 декабря 2020 г. в 75 стационарах 36 городов России и Казахстана: Архангельска, Барнаула, Белгорода, Владивостока, Воронежа, Екатеринбурга, Ижевска, Иркутска, Казани, Караганды, Краснодара, Кургана, Майкопа, Москвы, Мурманска, Набережных Челнов, Нижнего Новгорода, Новороссийска, Новосибирска, Омска, Пензы, Перми, Петрозаводска, Ростова-на-Дону, Санкт-Петербурга, Северска, Смоленска, Твери, Тольятти, Томска, Тюмени, Улан-Удэ, Ульяновска, Челябинска, Южно-Сахалинска и Якутска.

Определение чувствительности к антибиотикам

Определение минимальных подавляющих концентраций (МПК) методом последовательных двукратных разведений в бульоне Мюллера-Хинтон (по стандарту ISO 20776-1:2006). Определение клинических категорий чувствительности в соответствии с пограничными значениями МПК Европейского комитета по определению чувствительности к антимикробным препаратам (EUCAST) v.13.0, 2023 г. (https://www.eucast.org/clinical_breakpoints)

Молекулярно-генетическое субвидовое типирование

• SNP-типирование всех изолятов на основании определения выборочных (n=21) однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в семи хромосомных локусах (gapA, infB, mdh, pgi, phoE, rpoB, tonB) методом высокопроизводительной ПЦР в режиме реального времени
• Мультилокусное секвенирование-типирование (MLST) отдельных изолятов в соответствии с общепринятой схемой Pasteur (https://bigsdb.pasteur.fr/klebsiella/)

Выявление генов приобретенных карбапенемаз

Гены наиболее распространенных у Enterobacterales приобретенных сериновых карбапенемаз (групп OXA-48 и KPC) и MBL (групп VIM, IMP и NDM) определяли методом ПЦР в режиме реального времени.

Координатор проекта

Шайдуллина Эльвира Расиловна

научный сотрудник НИИ Антимикробной химиотерапии
ФГБОУ ВО «СГМУ» Минздрава России

elvira.shaidullina@antibiotic.ru