Acinetobacter baumannii генетическое разнообразие, чувствительность к антибиотикам и литическим бактериофагам

Аннотация

Acinetobacter baumannii – один из наиболее частых и проблемных возбудителей нозокомиальных инфекций. В данном проекте представлены результаты исследования циркулирующих в стационарах РФ клинических штаммов A. baumannii, включающие:

• данные об источниках выделения изолятов;
• молекулярно-генетические характеристики изолятов (принадлежность к клональным группам, SNP-типам, сиквенс-типам, KL-типам, наличие генов приобретенных карбапенемаз);
• чувствительность изолятов к антибиотикам различных групп;
• чувствительность изолятов к отдельным литическим бактериофагам.

Бактериальные изоляты

3135 неповторяющихся (по одному на каждый случай инфекции) клинических изолятов, выделенных в рамках многоцентровых проспективных микробиологических исследований в период с 14 января 2013 г. по 31 декабря 2019 г. в 71 стационаре 36 городов России: Архангельска, Барнаула, Белгорода, Благовещенска, Владивостока, Воронежа, Екатеринбурга, Ижевска, Иркутска, Казани, Краснодара, Кургана, Майкопа, Москвы, Мурманска, Набережных Челнов, Нижнего Новгорода, Новосибирска, Омска, Пензы, Перми, Петрозаводска, Ростова-на-Дону, Санкт-Петербурга, Северска, Смоленска, Твери, Тольятти, Томска, Тулы, Тюмени, Улан-Удэ, Южно-Сахалинска и Якутска.

Определение чувствительности к антибиотикам

Определение минимальных подавляющих концентраций (МПК) методом последовательных двукратных разведений в бульоне Мюллера-Хинтон (по стандарту ISO 20776-1:2006). Определение клинических категорий чувствительности в соответствии с пограничными значениями МПК Европейского комитета по определению чувствительности к антимикробным препаратам (EUCAST) v.10.0, 2020 г. (http://www.eucast.org/clinical_breakpoints/)

Определение чувствительности к литическим бактериофагам

Модифицированный метод агаровых слоев и спот-тестирование.

Молекулярно-генетическое субвидовое типирование

• SNP-типирование всех изолятов на основании определения выборочных (n=21) однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в десяти хромосомных локусах (gltA, recA, cpn60, gyrB, gdhB, rpoD, fusA, pyrG, rplB и rpoB) методом высокопроизводительной ПЦР реальном времени (http://snpt.antibiotic.ru:9002/).
• Мультилокусное секвенирование-типирование (MLST) отдельных изолятов в соответствии с общепринятыми схемами Oxford и Pasteur (https://pubmlst.org/abaumannii/)

Определение кластеров генов синтеза капсульных полисахаридов (K-локусов, KL)

Определение KL-типов проводили для выборочных изолятов на основании идентификации соответствующих локусов в геномных последовательностях согласно общепринятой номенклатуре (https://github.com/katholt/Kaptive).

Выявление генов приобретенных карбапенемаз

Гены наиболее распространенных у Acinetobacter spp. приобретенных карбапенемаз класса D (групп OXA-23, OXA-24/40 и OXA-58), класса А (группы GES-2/GES-5) и класса B (групп VIM, IMP и NDM) определяли методом ПЦР в режиме реального времени.

Исследовательская группа

Р.С. Козлов, А.В. Попова, М.М. Шнейдер, Е.А. Шек, М.В. Эйдельштейн, А.Ю. Кузьменков, А.В. Романов, Э.Р. Шайдуллина.

Финансовая поддержка

Исследование выполняется при финансовой поддержке Российского научного фонда (РНФ, проект 18-15-00403)

Контактное лицо

Шек Евгений Александрович

Научный сотрудник НИИ антимикробной химиотерапии
ФГБОУ ВО «СГМУ» Минздрава России

evgeniy.sheck@antibiotic.ru