Шаг 4 - Категоризация S/I/R

На данном этапе проводится интрепретация количественных данных (МПК, диаметры зон подавления роста) и определение категорий чувствительности (S/I/R) к антибиотикам с учетом выбранных интерпретационных критериев (пограничных значений).

Выбор базовых критериев интерпретации

Из выпадающего списка Выберите критерии интерпретации выберите нужные критерии. Если Вы не собираетесь дополнительно настраивать критерии интерпретации, нажмите кнопку Завершить все шаги.

Добавление пользовательских правил интерпретации

При необходимости вы можете добавить пользовательские правила интерпретации, отличающиеся от базовых критериев для любой комбинации микроорганизм-антибиотик. Кликните на панель Пользовательские правила интерпретации, чтобы раскрыть ее. Нажмите на кнопку + Добавить новое правило. Откроется диалоговое окно, в котором необходимо:

  • ввести название правила;
  • выбрать тип данных чувствительности, к которым вы хотите применить данное правило (S/I/R, МПК, диаметры зон подавления роста);
  • выбрать целевой антибиотик из выпадающего списка;
  • выбрать категорию чувствительности (S/I/R) или ввести пороговые значения;
  • выбрать целевые организмы или группу организмов;
  • при необходимости выбрать другие параметры из выпадающих списков, чтобы задать дополнительные условия для применения правила;
  • нажать кнопку Создать.

Если необходимо создать несколько правил, повторите вышеописанные шаги. Когда все правила будут введены, нажмите кнопку Закрыть.

Создание пользовательских правил

Список новых правил появится с левой стороны панели. Вы можете выделить правило, кликнув по нему и отредактировать (кнопка Редактировать) или удалить его (кнопка Удалить). Если вы хотите сохранить правила для дальнейшего использования, отметьте галочку Сохранить правила в ‘Мои правила интерпретации’. Сохраненные правила появятся на вкладке Мои правила интерпретации в разделе Мой профиль. В дальнейшем их можно будет изменить или удалить.

Вы также можете применить сохраненные ранее правила интерпретации, нажав кнопку Получить правила из ‘Мои правила интерпретации’ и отметив галочками нужные.

Чтобы применить вновь созданные и/или ранее сохраненные правила интерпретации, нажмите кнопку Принять правила.

Применение пользовательских правил

Определение приоритета данных чувствительности разных типов

Обратите внимание, что если Ваша таблица содержит данные определения чувствительности разных типов (МПК, диаметры зон подавления роста, заранее заданные категории чувствительности S/I/R), AMRcloud автоматически объединит их и назначит итоговые категории чувствительности S/I/R.

Чтобы разрешить потенциальные конфликты в определении категорий чувствительности S/I/R, которые могут возникать при наличии различающихся между собой результатов для одной и той же пары изолят-антибиотик, Вы можете вручную задать приоритет источников данных (МПК, диаметров зон подавления роста, заданных значений S/I/R), согласно которому будут определены результирующие категорий чувствительности. Пример результатов интерпретации данных с использованием различных приоритетов представлен на Рисунке 3.

Влияние выбора приоритета разных типов данных при их объединении на конечный результат определения категории чувствительности

Чтобы установить приоритет данных _mic, _dd и _sir, кликните на панель Объединение результатов оценки чувствительности и выберите приоритет для всех антибиотиков, либо для каждого индивидуально, выбирая нужный порядок из выпадающего списка. По умолчанию для всех антибиотиков установлен приоритет sir > mic > dd. Вы можете переопределить значение приоритета для всех антибиотиков сразу, выбрав соответствующее значение в выпадающем списке Приоритет по умолчанию для всех антибиотиков и нажав кнопку Обновить приоритет для всех.

Объединение данных определения чувствительности разных типов

Финализация определения категорий чувствительности

После того, как Вы установили все требуемые критерии интерпретации (включая базовые и пользовательские), нажмите кнопку Интерпретировать МПК и данные диск-диффузии. Проверьте статус импорта по окончании процесса интерпретации и нажмите кнопку Завершить все шаги, чтобы завершить процесс импорта.

Финализация определения категорий чувствительности

Вы можете в любой момент заново открыть и отредактировать загруженные данные с помощью Мастера загрузки.

Если Вам необходимо только применть новые критерии интерпретации чувствительности, Вы можете сбросить Шаг 4 и продолжить работу с него, нет необходимости перезагружать файл и заново проходить Шаги 1-3.