Описание файла для загрузки в AMRcloud

Формат файла

Платформа AMRcloud поддерживает загрузку как Excel-файлов (XLS, XLSX), так и обычных текстовых файлов (TSV, TXT, CSV и т.д.).

При импорте текстового файла (TSV,TXT,CSV) предоставляется возможность задать следующие настройки:

• Разделитель столбцов
  • Запятая
  • Точка с запятой
  • Знак табуляции
• Кавычки
  • Авто
  • Двойные кавычки
  • Одинарные кавычки
• Десятичный разделитель
  • Точка
  • Запятая

Файл должен содержать таблицу, сформирированную определеным образом. 

Структура таблицы

Таблица должна быть «плоской», без объединенных ячеек, столбцов, строк, активных фильтров.

Первая строка таблицы должна содержать имена столбцов (параметров). Строки, содержат данные по микробным изолятам (отдельная строка с записью на каждый изолят). 

Данные по чувствительности к антимикробным препаратам располагаются в столбцах (для каждого антибиотика - отдельный столбец).

Для файла в формате Excel рекомендуется, чтобы файл содержал только один лист с данными.

Пример файла c описанием столбцов

Пример файла для загрузки в формате Excel

Пример файла для загрузки в формате CSV (разделитель точка с запятой)

В общем виде в таблице можно выделить 5 групп столбцов:

• Обязательные столбцы;
• Дополнительные столбцы;
• Столбцы с данными о чувствительности к антибиотикам;
• Столбцы с данными о маркерах;
• Столбцы фильтров.

Особенности каждой из групп рассмотрены далее.

Обязательные столбцы

Данные столбцы должны обязательно присутствовать в файле. Без них импорт файла и дальнейшая работа невозможна.

Идентификатор изолята

В качестве идентификатора может быть использована любая запись, содержащая буквенно-цифровые символы, за исключением специальных (?,!%$#><). Служит для уникальной идентификации изолята в рамках таблицы.

Название вида микроорганизма

Используйте двойные латинские названия видов микроорганизмов в соответствии с официальной номенклатурой https://www.bacterio.net/, либо Федеральный справочник лабораторных исследований. Справочник бактерий (столбец Форматированное наименование), в противном случае он не интерпретируется системой и функционал автоматической интерпретации результатов чувствительности может стать недоступен. Система автоматически распознает известные родовые и видовые названия микроорганизмов и применяет соотвествующие критерии для интерпретации значений МПК, зон подавления роста и определения категорий чувствительности к АМП.

Название группы микроорганизмов

Объединение микроорганизмов в группы позволяет представлять в обобщенном виде результаты оценки чувствительности к АМП разных (нескольких) видов микроорганизмов. Группировка может быть основана как на родовой принадлежности, например

Вид микроорганизма	Группа
Acinetobacter baumannii	Acinetobacter spp.
Enterococcus ureasiticus	Enterococcus spp.
Escherichia coli	Enterobacterales

так и по любому другому внетаксономическому принципу (территориальному, виду диагноза, локализации инфекции и т.д.).

Дата

Cлужит для фильтрации выделенных образцов в рамках временного диапазона. Может быть как датой реидентификации изолята, датой выделения материала у пациента, датой госпитализации пациента и т.д. Рекомендуется использовать дату выделения материала у пациента. Записи без даты не будут импортированы.

Дополнительные столбцы

Данные столбцы не обязательно должны присутствовать в файле для загрузки в AMRcloud, однако они обеспечивают большую наглядость и дополнительные возможности анализа.

Географический объект

В качестве географических объектов могут быть указаны: страны, административно-территориальные единицы, природные зоны, города, небольшие населенные пункты, а также адреса конкретных зданий и объектов. Система попытается автоматически идентифицировать географические объекты и найти соответствующие координаты (широту и долготу). Если в загружаемой таблице есть дополнительные столбцы, содержащие значения долготы и широты, они также могут быть обработаны. Таким образом вы сможете самостоятельно определить геопривязку изолятов, что позволит отображать их на географической карте.

Числовая переменная

Служит для реализации фильтрации набора данных по непрерывной числовой переменной. Такими данными могут быть: рост, вес, и т.д. Обычно такой переменной выступает возраст пациента на момент взятия образца. В случае необходимости система способна заменить пропущенные значения в данном столбце на значение «по умолчанию».

Столбцы с данными о чувствительности к антибиотикам

Результаты определения чувствительности к антимикробным препаратам (АМП):

• значения минимальных подавляющих концентраций (МПК)
• и/или диаметров зон подавления роста
• и/или категории чувствительности (S/I/R)

Имена столбцов, содержащих данные определения чувствительности к АМП, должны начинаться с генерического названия АМП на английском языке и заканчиваться определяющим суффиксом. Количество таких столбцов не ограничено.

_mic – для МПК

например: ampicillin_mic

Рекомендуется указывать значения МПК по основному действующему веществу (например, триметоприм/сульфаметоксазол – МПК триметоприма). Согласно международному соглашению рекомендуется использовать значения, соответствующие двукратным разведениям начиная с 1 мг/л. Для значений менее 0,25 мг/л рекомендуется использовать следующие значения:

• 0.125→ 0.125,
• 0.0625→0.06,
• 0.03125→0.03,
• 0.015625→0.016,
• 0.0078125→0.008,
• 0.00390625→0.004
• 0.001953125→0.002

_dd – для диаметров зон подавления роста

например: ampicillin_dd

Рекомендуется указывать диаметр зоны задержки роста по данным ДДМ. Целые числа, диапазон от 6 до 50 мм. Если необходимо указать нагрузку для двух компонентов – в качестве разделителя стоит использовать символ дефиса (например: meropenem_10_dd, trimethoprim-sulfamethoxazole_1-2_dd).

_sir – для категорий чувствительности

например: ampicillin_sir

Рекомендуется указать один вариант:

• S – чувствительный
• I –чувствительный при увеличенной экспозиции
• R – устойчивый

Система автоматически распознает известные генерические названия АМП и осуществляет интерпретацию значений МПК и диаметров зон подавления роста для известных микроорганизмов в соответствии с выбранными критериями.

При необходимости одновременной выгрузки значений МПК, полученных двумя раличными методами, допускается добавлять дополнительные суффиксы. Например, если нам необходимо выгрузить данные МПК, полученные методами разведения в бульоне и Е-тестов одновременно в рамках одного файла, можно воспользоваться следующими правилами:

• Для метода разведения в бульоне закодировать антибиотики с суффиксом _mic
• Для метода E-тестов закодировать антибиотики с суффиксом _etest_mic

Таким образом удастся загрузить в систему оба вида антибиотиков, хотя интерпретироваться будет антибиотик с суффиксом _mic.

В рамках каждого из руководств (CLSI, EUCAST, и т.д.) перечень интерпретируемых антибиотиков может отличаться.

Общий список автоматически распознаваемых антибиотиков

Однако можно загружать любые названия антибиотиков, просто категории чувствительности для них автоматически интерпретироваться не будут. С предзабитыми значениями S/I/R также можно работать.

Столбцы с данными о маркерах

Эти столбцы позволяют проводить более глубокий анализ информации и отдельных параметров изолята. В качестве таких параметров имеет смысл выбирать механизмы устойчивости, гены, мутации, и.д. Рекомендуется указывать как наличие/отсутсвие признака, так и отсутствие точной информации о факте проведения исследования на признак. Заголовок такого столбца будет выступать названием группы маркеров. Количество таких столбцов не ограничено.

В системе можно анализировать структуру распределения значений маркеров в рамках группы, географическое распределение, распределение маркеров относительно данных чувствительности к антибиотикам.

Столбцы фильтров

Эти столбцы служат для отбора изолятов в рамках всего набора данных, еще до фильтрации по конкретным группам организмов/видов организмов/макреров. Эти столбцы содержат категориальные (текстовые) признаки.

Названия столбцов будут использоваться в качестве названий параметров.