Примеры задач и способы их решения

Конкретный опыт использования платформы AMRcloud целиком зависит от данных в загружаемой таблице. Тем не менее, можно привести несколько типовых примеров, когда различные функции AMRcloud могут помочь в решении общих задач, которые возникают в процессе рутинной работы у клиницистов, микробиологов или эпидемиологов, занимающихся надзором за устойчивостью к антимикробным препаратам. Важно подчеркнуть, что расположение фильтров, а также типы данных в фильтрах, в приведенных ниже примерах могут отличаться от фактических данных пользователя, однако общая структура сохранится.

Если ни один из приведенных ниже примеров не соответствует конкретной ситуации, то систематическое и подробное описание всех функций, включенных в платформу AMRcloud, можно найти в Разделе 3 данного руководства.

Профиль чувствительности микроорганизмов, связанный с конкретной патологией

1. В разделе Параметры основные для анализа необходимо установить значения параметров Группа микроорганизмов и Микроорганизмы (например, Enterobacterales).
2. В разделе «Инфографика» следует перейти во вкладку Выбранный антибиотик.
3. Из выпадающего списка выбрать антибиотик, информацию об активности которого необходимо узнать.
4. Перейти в подвкладку S/I/R графики.
5. Перейти в подвкладку Группировать по.
6. В появившемся выпадающем списке Группировать по выбрать категорию Локализация_инфекции.
7. Нажать на кнопку Отобразить.

На экране отобразится следующий график:

Для использования функции Группировать по важно, чтобы в разделе Параметры основные были выбраны все значения для параметра, выбранного в качестве категории Группировать по. В данном примере для категории Локализация_инфекции в разделе Параметры основные выбраны все доступные значения.

Оценка уровня резистентности в различных возрастных группах

1. Выбрать с помощью фильтров раздела Параметры основные необходимое подмножество данных для анализа (например, Группу микроорганизмов – Enterobacterales).
2. В разделе «Инфографика» перейти на вкладку Выбранный антибиотик.
3. Из выпадающего списка выбрать антибиотик, информацию об устойчивости к которому необходимо узнать.
4. Перейти в подвкладку S/I/R графики.
5. Перейти в подвкладку Группировать по.
6. В появившемся выпадающем списке Группировать по выбрать категорию Возрастная_группа.
7. Нажать на кнопку Отобразить.
8. Для того чтобы значения в гистограмме были отсортированы вдоль X-оси по убыванию возраста, необходимо выбрать категорию Сортировка → Наименование, Тип сортировки → Нисходящая и снова нажать на кнопку Отобразить.

На экране отобразится следующий график:

Оценка активности антимикробных препаратов за определенный временной интервал для выбранной группы микроорганизмов

1. С помощью фильтра Дата в разделе Параметры основные следует установить необходимый временной интервал.
2. Выбрать с помощью фильтров раздела Параметры основные определенную группу микроорганизмов (например, Группу микроорганизмов – Enterobacterales).
3. В разделе «Инфографика» перейти во вкладку Антибиотики (все).
4. Перейти в подвкладку График.
5. Нажать на кнопку Отобразить.
6. В появившемся выпадающем списке Антибиотики выбрать интересующие категории.

На экране отобразится следующий график:

Оценка активности антимикробных препаратов для всех групп микроорганизмов

1. Выбрать с помощью фильтров раздела Параметры основные все группы микроорганизмов.
2. В разделе «Инфографика» перейти во вкладку Антибиотики (все).
3. Перейти в подвкладку Микроорганизмы vs. антибиотики.
4. Нажать на кнопку Отобразить, расположенную в самом низу экрана.

На экране отобразится следующая таблица (в верхней части приведены значения с ДИ±10%, а в нижней части — с большим значением ДИ):

Тренд резистентности к антимикробным препаратам по годам

1. В разделе Параметры основные установить необходимые для анализа значения параметров Группа микроорганизмов и Микроорганизмы (например, выбрать Enterobacterales).
2. В разделе «Инфографика» перейти во вкладку Выбранный антибиотик.
3. Из выпадающего списка выбрать антибиотик, информацию об устойчивости к которому необходимо узнать.
4. Перейти в подвкладку S/I/R графики.
5. Перейти в подвкладку Группировать по.
6. В появившемся выпадающем списке Группировать по выбрать категорию Дата: год (встроенные в AMRcloud алгоритмы позволяют разбивать загруженную дату на год, квартал, месяц и день). Следует отметить, что даты в AMRcloud всегда автоматически отсортированы в хронологическом порядке.
7. Для отображения данных в виде тренда необходимо выбрать в выпадающем списке Тип графика значение Тренд.
8. Нажать на кнопку Отобразить.

На экране отобразится следующий график:

Географическое распределение профилей чувствительности

1. В разделе Параметры основные установить необходимые для анализа значения параметров Группа микроорганизмов и Микроорганизмы (например, выбрать Enterobacterales).
2. В разделе «Инфографика» перейти во вкладку Выбранный антибиотик.
3. Из выпадающего списка выбрать антибиотик, информацию об устойчивости к которому необходимо узнать.
4. Перейти в подвкладку Карта.
5. Нажать на кнопку Отобразить.

На экране отобразится географическая карта с S/I/R маркерами:

Для получения альтернативного отображения относительного распределения изолятов, резистентных к выбранному антибиотику, следует перейти в подвкладку Рейтинг. На приведенном ниже графике все географические регионы отсортированы по возрастанию доли резистентных изолятов (вертикальной пунктирной линией изображена медиана относительного количества устойчивых изолятов).

Связь фенотипа устойчивости и генотипа

Данный тип анализа возможен при загрузке в систему соответствующего набора данных и позволяет отобразить распределение МПК для изолятов с различными генетическими детерминантами.

1. Выполнить переход на вкладку Маркеры.
2. Из выпадающих списков Группа маркеров, Маркер выбрать интересующие значения.
3. Перейти на подвкладку МПК.
4. Выбрать антибиотик, для которого необходимо установить связь между генотипом и фенотипом.
5. Нажать на кнопку Отобразить.

На экране отобразится следующий график:

Ассоциированная устойчивость

AMRcloud позволяет пользователям анализировать ассоциированную устойчивость к антибиотикам, т.е. определять вероятность наличия устойчивости при различных комбинациях антибактериальных препаратов.

Подвкладка «Матрица»

1. В разделе Параметры основные установить необходимые для анализа значения параметров Группа микроорганизмов и Микроорганизмы (например, выбрать Enterobacterales).
2. Перейти во вкладку Ассоциированная устойчивость.
3. Перейти в подвкладку Матрица.
4. Нажать на кнопку Отобразить.

На экране отобразится матрица ассоциированной устойчивости:

В приведенной матрице можно выбрать строку с препаратом, резистентность к которому изучена в загруженном наборе данных, и просмотреть вероятность устойчивости изолятов к другому препарату, расположенному в столбце. Например, вероятность того, что изолят резистентный к меропенему будет резистентен и к гентамицину составляет 81.49%.

Основной целью данного анализа является выявление антибактериальных препаратов, обладающих наименьшей активностью в отношении выбранных микроорганизмов (высокие значения в ячейке). Альтернативной целью для данного вида анализа является поиск необычных паттернов резистентности: например, в случае резистентности Acinetobacter к меропенему, у тобрамицина наблюдается наименьший уровень ассоциированной устойчивости среди остальных аминогликозидов.

Подвкладка «Множественная устойчивость»

Для определения доли мульти-/пан-/экстремально-резистентных изолятов в наборе данных, воспользуйтесь подвкладкой Множественная устойчивость. Здесь можно установить процент изолятов, резистентных к одному, двум … N антибиотикам одновременно.

1. В разделе Параметры основные следует установить необходимые для анализа значения параметров Группа микроорганизмов и Микроорганизмы (например, выбрать Enterobacterales).
2. Перейти во вкладку Ассоциированная устойчивость.
3. Перейти в подвкладку Множественная устойчивость.
4. Выбрать антибиотики, к которым необходимо обнаружить множественную устойчивость (следует выбрать больше одного антибиотика).
5. Ввести количество антибиотиков, к которым должен быть резистентен изолят. В приведенном примере была выбрана группа из 8 антибиотиков и введено значение «R как минимум к N антибиотикам» равное 8, т.е. осуществляется поиск доли панрезистентных изолятов в выборке.
6. Нажать на кнопку Отобразить.

Появляется информация о количестве найденных изолятов, проценте от общего числа изолятов, а также 95%-ый доверительный интервал (ДИ).

Визуализация МПК50 и МПК90

1. В разделе Параметры основные установить необходимые для анализа значения параметров Группа микроорганизмов и Микроорганизмы (например, выбрать Enterobacterales).
2. В разделе «Инфографика» перейти во вкладку Выбранный антибиотик.
3. Из выпадающего списка выбрать антибиотик, информацию об устойчивости к которому необходимо узнать.
4. Перейти в подвкладку МПК.
5. Нажать на кнопку Отобразить.

На появившемся графике значения МПК50 и МПК90 отображаются в виде вертикальных пунктирных линий над соответствующими столбцами. При наведении курсора на пунктирную линию всплывает текстовое окно с обозначением МПК 90 или МПК 50:

Время первого обнаружения для определенного маркера в зависимости от геолокации

Иногда бывает полезным визуализировать информацию из набора данных, касающуюся маркеров вирулентности или детерминант резистентности или генетических линий, на временной шкале с привязкой к географическим данным. Для этого необходимо выполнить следующие шаги:

1. В разделе Параметры основные установить необходимые для анализа значения параметров Группа микроорганизмов и Микроорганизмы (например, выбрать Enterobacterales).
2. В разделе «Инфографика» перейти во вкладку Маркеры.
3. Выбрать из выпадающего списка Группа маркеров необходимую для анализа группу. Выбирать конкретный маркер на данном шаге необязательно, т.к. он будет выбран позже во время визуализации.
4. Перейти в подвкладку Время первого обнаружения.
5. Из выпадающего списка Генетический маркер выбрать интересующий маркер.
6. Из выпадающего списка Группировать по выбрать категорию Федеральный_округ (или город, страна, в зависимости от набора данных).
7. Нажать на кнопку Отобразить.

На полученном графике с временной шкалой, можно увидеть, когда и в каких федеральных округах впервые были выделены карбапенемазы NDM для группы энтеробактерий: