Экспорт из Микроб-2 в AMRcloud
Руководство «Экспорт из Микроб-2 в AMRcloud» рассказывает о том, как имеющиеся у вас данные из программы Микроб-2 подготовить для загрузки в онлайн-платформу AMRcloud.
Создание файла
Файл экспорта представляет собой текстовый файл, использующий в качестве разделителя полей символ табуляции и имеющий кодировку WIN1251. Формирование файла выполняется на основании данных, входящих в предварительно созданный список отобранных анализов.
Для создания списка отобранных анализов вызовите команду меню Журнал > Параметры отбора:
![](/img/tutorials/microb-2-export/microb-2-01.png)
Формирование списка осуществляется путем задания следующих параметров отбора:
- Период поступления/выдачи анализов, возможные значения – весь период (от времени поступления/выдачи первого анализа до времени внесения/выдачи последнего) или определенный Пользователем;
- Отделения, возможные значения — список отделений;
- Диагнозы, возможные значения — список диагнозов, возможно указание группы диагнозов;
- Биоматериалы, возможные значения — список биоматериалов;
- Микроорганизмы, возможные значения — список микроорганизмов, возможно указание группы микроорганизмов;
- Антибиотики, возможные значения — список антибиотиков, для отбора всех указанных антибиотиков вместе - признак «только все вместе». Установка параметров отбора по антибиотикам задается отдельно по названию антибиотиков с указанием степени чувствительности.
Каждый из анализов, отобранных программой, удовлетворяет всем заданным параметрам. Как минимум, следует задать название журнала и период выдачи. Задание параметра «Дата выдачи» определяет, что в отобранный список анализов попадут только «готовые» анализы (анализы имеющие дату выдачи). Как правило, для мониторинга требуются данные именно «готовых» анализов.
![](/img/tutorials/microb-2-export/microb-2-02.png)
После завершения установки параметров нажмите Да для формирования Списка отобранных анализов:
![](/img/tutorials/microb-2-export/microb-2-03.png)
Для формирования файла вызовите контекстное меню кликнув правой клавишей мыши по списку отобранных анализов и выберите Экспорт данных для мониторинга.
![](/img/tutorials/microb-2-export/microb-2-04.png)
Задайте имя файла и нажмите кнопку Сохранить.
![](/img/tutorials/microb-2-export/microb-2-05.png)
Начнется процесс экспорта данных, по окончании которого появится сообщение о его завершении. Пример такого сообщения показан на рисунке.
![](/img/tutorials/microb-2-export/microb-2-06.png)
Пример созданного файла, загруженного в программу MS Excel, показан на рисунке.
![](/img/tutorials/microb-2-export/microb-2-07.png)
Для импорта файла в MS Excel воспользуйтесь меню Данные, разделом Получение внешних данных и кнопкой Из текста. Выберите созданный файл и при импорте укажите формат файла: «1251 : Кириллица (Windows)», символ-разделитель: «Знак табуляции». Формат данных столбцов следует указывать как «текстовый», иначе некоторые значения могут быть автоматически преобразованы, например, значение МПК «4/4» может быть преобразовано в дату «04-апр».
Настройка экспорта
Обычно настройки экспорта данных мониторинга в формат AMRcloud предустановлены и не требуют дополнительной настройки, однако при наличии «пользовательских» значений Микроб-2 может потребоваться их дополнительная кодировка. Поэтому перед экспортом данных рекомендуется посмотреть и уточнить значения сопоставления в настройках программы.
Вызов настроек программы выполняется через команду основного меню Журнал > Настройки. Настройки программы индивидуальны для каждого компьютера: настройка того или иного параметра «работает» только для данного компьютера. Настройки, влияющие на создание файла для AMRcloud находятся на вкладке Отчеты и доступны через кнопку Настройки экспорта данных для мониторинга.
![](/img/tutorials/microb-2-export/settings-report.png)
Общие настройки
Глобальные параметры формирования файла AMRcloud можно задать на вкладке Общие.
![](/img/tutorials/microb-2-export/settings-monitoring-base.png)
- Файл данных для мониторинга — Задает имя создаваемого файла по-умолчанию. При выполнении экспорта возможно задание другого имени файла.
- Анонимизировать названия отделений — В случае нежелания включать реальные названия отделений, можно установить данный признак. При его установке отделения будут передаваться в обезличенном виде, например: «Отделение#001», «Отделение#002» и т.п.
- Использовать диагноз для поля локализации инфекции — При установке в данном поле будут передаваться названия диагнозов. При снятом признаке – поле локализации будет пустым.
- Считать отсутствие маркера резистентности как отрицательный результат — В программе используются маркеры резистентности значения которых могут передаваться в данные для мониторинга. В отличие от тестов на фенотип, чьи значения также могут передаваться, маркеры резистентности не имеют конкретного значения («отриц.» или «полож.» как тесты на фенотип), поэтому предполагается, что наличие маркера в бланке анализа означает «полож.» результат. При установке данного признака включается следующая логика: если в анализе отсутствует конкретный маркер, но при этом выделен микроорганизм, для которого возможна установка данного маркера, то считаем что данный маркер имеет «отриц.» значение. И это значение будет использовано при формировании файла AMRcloud.
Микроорганизмы
На вкладке Микроорганизмы находится таблица настройки соответствий между микроорганизмами Микроб-2 и AMRcloud:
![](/img/tutorials/microb-2-export/settings-monitoring-org.png)
Списки имеют предопределенные фиксированные значения. Установка выполняется путем выбора значения в выпадающих списках для колонок Микроорганизм или Группа микроорганизмов. При невозможности указания конкретного микроорганизма AMRcloud, устанавливайте значение в колонке Группа микроорганизмов.
Антибиотики
На вкладке Антибиотики находится таблица настройки соответствий между антибиотиками Микроб-2 и AMRcloud:
![](/img/tutorials/microb-2-export/settings-monitoring-ab.png)
Списки имеют предопределенные фиксированные значения. Для каждого антибиотика Микроб-2 возможна установка только конкретного антибиотика AMRcloud из предопределенного фиксированного списка.
Механизмы резистентности
На вкладке Механизмы резистентности можно настроить передачу той или иной категории механизма резистентности, принятой в AMRcloud:
![](/img/tutorials/microb-2-export/settings-monitoring-res.png)
Названия категорий в корне списка. Для формирования результатов механизмов резистентности используются значения тестов на фенотип и наличие/отсутствие маркеров резистентности Микроб-2. Каждой категории механизма резистентности AMRcloud ставится в соответствие набор тестов на фенотип и/или маркеров резистентности Микроб-2. Выбор установки тестов на фенотип или маркеров резистентности через контекстное меню:
![](/img/tutorials/microb-2-export/settings-monitoring-res-right-menu.png)
Например, редактор списка тестов на фенотип:
![](/img/tutorials/microb-2-export/settings-monitoring-res-editor.png)
Отобранный список содержит тесты на фенотип или маркеры резистентности для той или иной категории механизма резистентности AMRcloud.