Экспорт из VITEK 2 в AMRcloud

Руководство «Экспорт из Vitek в AMRcloud» рассказывает о том, как имеющиеся у вас данные из анализатора Vitek 2 подготовить для загрузки в онлайн-платформу AMRcloud.

Как загрузить полученный файл подробно описано в Руководстве «AMRcloud. Импорт данных»

Экспорт из VITEK 2

Экспортировать можно только изоляты, перешедшие в неактивную область.

Время перехода изолятов в неактивную область выставляется в общих настройках. По умолчанию – 14 дней.

Незавершенные изоляты (требующие проверки или ввода информации о микроорганизме или пациенте) не переходят в неактивную область. Их необходимо перевести в статус Завершенные.

В главном окне программы нажать на кнопку Инструменты и выбрать Экспорт неактивных изолятов.

Главное окно программы

В открывшемся окне выставить диапазон дат, поставить галочки на МИК, Фенотип, Подробная информация о карте. При необходимости выбрать другие параметры. Нажать на кнопку Экспорт (верхний правый угол диск со стрелкой).

Установка параметров экспорта

В открывшемся окне нажать Да.

Подтверждение экспорта

В диалоговом окне выбрать расположение и ввести имя файла. Нажать Экспорт неактивных изолятов.

Сохранение файла

Дождаться сообщения об окончании экспорта.

Полученный файл необходимо пропустить через конвертер в AMRcloud.

Онлайн-конвертер

Подготовка

Файл с изолятами из VITEK 2 представляет собой текстовый файл (*.txt), разделитель полей - запятая.

Для конвертации файла, перейдите по ссылке https://public.amrcloud.net/vitek.

Загрузка файла

Для загрузки файла нажмите на кнопку Choose file и выберите ваш файл VITEK 2.

Загрузка файла

Загрузка файла начнется автоматически. По окончании загрузки система проверит содержимое файла, попытается его прочитать и выведет предпросмотр на экран. В случае успешной загрузки вы увидите следующее.

Файл успешно загружен

Если вы видите таблицу и кнопку Convert, значит файл распознался системой.

Конвертация

Процесс конвертации файла заключается в замене кодов антибиотиков и организмов VITEK 2 на обозначения, понятные AMRcloud.

В результате к таблице добавляются следующие столбцы:

  • AMRCLOUD_ID - искусственно созданный уникальный идентификатор строки в таблице
  • AMRCLOUD_ORGANISM_ID - перекодированные названия видом микроорганизмов, которые корректно воспримет AMRcloud для простановки интерпретаций данных чувствительности.
При загрузке набора данных на Шаге 2: Выбор параметров рекомендуется использовать именно эти столбцы.

  • Для пункта Выберите столбец, содержащий идентификатор изолята AMRCLOUD_ID
  • Для пункта Выберите столбец, содержащий названия видов микроорганизмов AMRCLOUD_ORGANISM_ID
Выберите столбец, содержащий идентификатор изолята
Выберите столбец, содержащий названия видов микроорганизмов

Дополнительно производится объединение значений нескольких столбцов маркеров резистентности в один столбец, начинающийся с кода AMRCLOUD_MARKER_. Также конвертер удаляет столбцы с персональными данными - PATIENT NAME, PATIENT ID, PATIENT LOCATION, LAB ID.

После успешной загрузки файла, нажмите кнопку Convert. По окончании процесса конвертации на странице появится отчет о проделанных манипуляциях. Отчет содержит перечень кодов антибиотиков и организмов, которые были перекодированы, а также сообщения-предупреждения на которые стоит обратить внимание.

Если при анализе файла возникли ошибки, дальнейшая конвертация невозможна. Необходимо исправить файл.

Возможные ошибки:

  1. Ошибка Column [BAR CODE] not found. File has no Identity column означает, что не удалось найти столбец BAR CODE с уникальным идентификатором изолята. Необходимо добавить его в исходный файл, либо переименовать существующий столбец с идентификатором.
  2. Ошибка Column [ORGANISM CODE] not found. File has no Organism column означает, что не удалось найти столбец ORGANISM CODE с кодом микроорганизма изолята. Необходимо добавить его в исходный файл, либо переименовать существующий столбец с кодами.
Пример ошибок

Существуют следующие виды предупреждений:

  1. Предупреждение Column [AM-АМПИЦИЛЛИН] looks like antibiotic, but has some non-MIC values выводится в том случае, когда конвертер обнаруживает в столбце с антибиотиком любые нечисловые значения. Название столбца при этом все равно приводится к формату AMRcloud, значения остаются неизменными.
  2. Предупреждение Column AMRCLOUD_MARKER_АМИНОГЛИКОЗИДЫ added информирует о том, что конвертер обнаружил столбцы со значениями Аминогликозиды и создал новый столбец с объединенными значениями по аминогликозидам.
  3. Предупреждение Isolate with [BAR CODE]=1234567890 has 2 rows выводится в том случае, когда конвертер обнаружил, что изолят с уникальным идентификатором BAR CODE встречается несколько раз в файле. Рекомендуется исключить дубли из анализа.
  4. Предупреждение Column [AM-АМПИЦИЛЛИН] has no values выводится когда в столбце с антибиотиком не обнаружено значений.
  5. Предупреждение Columns with identical names have been enumerated выводится когда при заменах названий столбцов с антибиотиками образовались одинаковые имена. В таком случае столбцы нумеруются по порядку.
  6. Предупреждение No translation has been found for organism [CODE] выводится когда конвертеру не удалось сопоставить код микроорганизма из столбца ORGANISM CODE со словарем. В таком случае название данного микроорганизма рекомендуется заменить вручную.
Пример предупреждений
Перекодировка антибиотиков
Перекодировка организмов

Скачивание файла

Для получения сконвертированного файла, готового к загрузке в AMRcloud, нажмите кнопку Download.

Данный файл может быть использован Вами для создания проектов и наборов данных в AMRcloud. Руководство по загрузке файлов в AMRcloud доступно по ссылке.

Оффлайн-конвертер

Возможна конвертация из формата VITEK 2 в формат AMRcloud и без использования интернета. Для этого необходимо воспользоваться оффлайн-конвертером.

Подготовка

Файл с изолятами из VITEK 2 представляет собой текстовый файл (*.txt), разделитель полей - запятая.

Установка

Для установки программы AMRcloud Vitek Converter скачайте его по ссылке.

AMRcloudVitekConverter.msi.

Если на компьютере не установлен .NET Framework 4, установщик предложит его скачать. По умолчанию программа устанавливается в папку Документы\AMRsolution\AMRcloud Vitek Converter\

Работа с программой

Окно программы после запуска выглядит следующим образом.

Главное окно программы

Для выбора файла VITEK нажмите кнопку Open File, либо выберите меню File → Open Vitek File.

Выбор файла

После выбора файла нажмите кнопку Read File, либо меню File → Read Vitek File. Должна появиться таблица. Если таблица не появилась, возможно форматирование файла отличается от стандартного и нужно выбрать другой тип разделителя. Переключатель типа разделителя расположен между кнопками Open File и Read File. По умолчанию используется разделитель запятая.

Чтение файла

Далее необходимо указать, в каких столбцах содержится идентификатор изолята и код организма. По умолчанию считается, чтобы идентификатор хранится в столбце BAR CODE, а код организма в столбце ORGANISM CODE и эти значения менять не требуется.

При желании вы можете задать дополнительные параметры трансформации:

  • Флажок Generate Unique IDs позволяет добавить к файлу новый столбец AMRCLOUD_ID с новым сгенерированным уникальным идентификатором.
  • Флажок Concatenate Markers позволяет объединенить значения нескольких столбцов маркеров резистентности в один столбец, начинающийся с кода AMRCLOUD_MARKER_.

В результате к таблице добавляются следующие столбцы:

  • AMRCLOUD_ID - искусственно созданный уникальный идентификатор строки в таблице
  • AMRCLOUD_ORGANISM_ID - перекодированные названия видом микроорганизмов, которые корректно воспримет AMRcloud для простановки интерпретаций данных чувствительности.
  • AMRCLOUD_MARKER_ - объединенные значения маркеров резистентности
При загрузке набора данных на Шаге 2: Выбор параметров рекомендуется использовать именно эти столбцы.

  • Для пункта Выберите столбец, содержащий идентификатор изолята AMRCLOUD_ID
  • Для пункта Выберите столбец, содержащий названия видов микроорганизмов AMRCLOUD_ORGANISM_ID
Выберите столбец, содержащий идентификатор изолята
Выберите столбец, содержащий названия видов микроорганизмов

Для запуска процесса конвертации нажмите кнопку Convert.

Конвертация файла

По окончании процесса конвертации на странице появится отчет о проделанных манипуляциях. Отчет содержит перечень кодов антибиотиков и организмов, которые были перекодированы, а также сообщения-предупреждения на которые стоит обратить внимание.

Отчет о конвертации

По умолчанию сконвертированный файл сохраняется в папку Документы\AMRsolution\AMRcloud Vitek Converter\Converted. Открыть сконвертированный файл можно с помощью кнопки Open converted file.

Возможные ошибки:

  1. Ошибка Column [BAR CODE] not found. File has no Identity column означает, что не удалось найти столбец BAR CODE с уникальным идентификатором изолята. Необходимо добавить его в исходный файл, либо переименовать существующий столбец с идентификатором.
  2. Ошибка Column [ORGANISM CODE] not found. File has no Organism column означает, что не удалось найти столбец ORGANISM CODE с кодом микроорганизма изолята. Необходимо добавить его в исходный файл, либо переименовать существующий столбец с кодами.

Существуют следующие виды предупреждений:

  1. Предупреждение Column [AM-АМПИЦИЛЛИН] looks like antibiotic, but has some non-MIC values выводится в том случае, когда конвертер обнаруживает в столбце с антибиотиком любые нечисловые значения. Название столбца при этом все равно приводится к формату AMRcloud, значения остаются неизменными.
  2. Предупреждение Column AMRCLOUD_MARKER_АМИНОГЛИКОЗИДЫ added информирует о том, что конвертер обнаружил столбцы со значениями Аминогликозиды и создал новый столбец с объединенными значениями по аминогликозидам.
  3. Предупреждение Isolate with [BAR CODE]=1234567890 has 2 rows выводится в том случае, когда конвертер обнаружил, что изолят с уникальным идентификатором BAR CODE встречается несколько раз в файле. Рекомендуется исключить дубли из анализа.
  4. Предупреждение Column [AM-АМПИЦИЛЛИН] has no values выводится когда в столбце с антибиотиком не обнаружено значений.
  5. Предупреждение Columns with identical names have been enumerated выводится когда при заменах названий столбцов с антибиотиками образовались одинаковые имена. В таком случае столбцы нумеруются по порядку.
  6. Предупреждение No translation has been found for organism [CODE] выводится когда конвертеру не удалось сопоставить код микроорганизма из столбца ORGANISM CODE со словарем. В таком случае название данного микроорганизма рекомендуется заменить вручную.

Работа со справочниками

Программа содержит предустановленные справочники антибиотиков и организмов, согласно которым осуществляется конвертация. При необходимости вы можете вносить в них изменения с помощью меню Dictionaries.

Справочники подразделяются на глобальные и пользовательские. Глобальные содержат предустановленные стандартные значения перекодировки. Пользовательские справочники могут переопределять коды глобальных. Поэтому рекомендуется вносить изменения именно в пользовательские справочники.

Работу с ними рассмотрим на примере справочника организмов. Для этого выберите меню Dictionaries → User’s organisms.

Меню справочников

Окно справочника выглядит следующим образом.

Окно справочника

Для ввода данных достаточно дважды кликнуть на ячейку таблицы и ввести текст. Подтверждение ввода осуществляется клавишей Enter. Добавление новых записей осуществляется с помощью строки, помеченной звездочкой. Сохранить изменения можно с помощью кнопки Save. Кнопка Reload позволяет перезагрузить таблицу заново, тем самым сбросить несохраненные изменения.

Пример заполнения справочника

Кнопка Import позволяет упростить заполнение справочника. При нажатии появляется текстовое окно, куда можно скопировать таблицу с кодами из Excel. По нажатии кнопки OK они будут добавлены в справочник.

Импорт новых значений в справочник

Кнопка Export позволяет сохранить значения справочника в файл формата Excel.

Справочники Complex antibiotics replacement и Custom antibiotics replacement

Особенность данных справочников в том, что они содержат правила для перекодировки значений МПК для комбинированных антибиотиков.

Справочник Complex antibiotics replacement

Для описания такого перекодирования необходимо пары значений записать через символ равно (=) , разделителем пар служит запятая.

В качестве примера приводится запись для антибиотика SXT-Триметоприм/cульфаметоксазол. Для словаря использовались следующие справочные данные.

Vitek trimethoprim, mg/L sulfamethoxasole, mg/L
2,5 0,125 2,375
5 0,25 4,75
10 0,5 9,5
20 1 19
40 2 38
80 4 76
160 8 152
320 16 304
640 32 608
1280 64 1216
2560 128 2432
5120 256 4864
10240 512 9728