Конвертация CAESAR <=> AMRcloud

Руководство «Конвертация CAESAR <=> AMRcloud» рассказывает о следующем:

  • как имеющиеся у вас данные, готовые для репортирования в рамках исследования CAESAR, подготовить для загрузки в онлайн-платформу AMRcloud.
  • как имеющиеся у вас данные, загруженные в AMRcloud, подготовить для репортирования в рамках исследования CAESAR.

Из CAESAR в AMRcloud

Подготовка

Таблица в формате CAESAR представляет собой CSV файл (разделитель - точка с запятой), в котором информация по одному изоляту содержится в в нескольких строках.

Пример файла в формате CAESAR

Для формата AMRcloud необходимо преобразовать таблицу таким образом, чтобы в одной строке содержалась информация по одному изоляту.

Для конвертации файла, перейдите по ссылке https://public.amrcloud.net/caesar.

Загрузка файла

Для загрузки файла нажмите на кнопку Choose file и выберите ваш файл CAESAR.

Загрузка файла

Загрузка файла начнется автоматически. По окончании загрузки система проверит содержимое файла, попытается его прочитать и выведет предпросмотр на экран. В случае успешной загрузки вы увидите следующее.

Файл успешно загружен

Если вы видите таблицу и кнопку Convert Caesar to AMRcloud, значит файл распознался системой.

Если же кнопки нет и таблица представляет собой список строк, значит файл не соответствует заданному формату. Попробуйте пересохранить его в формате CSV, разделитель точка с запятой, кодировка UTF-8. Еще одной причиной ошибки может быть отсутствие обязательных столбцов в файле формата CAESAR — если хотя бы один столбец отсутствует, файл считается некорректным.

Некорректный файл

Конвертация

Процесс конвертации файла заключается в “разворачивании” таблицы и замене кодов CAESAR на обозначения, понятные AMRcloud. Такие замены производятся для:

  • Антибиотиков (столбец Antibiotic);
  • Организмов (столбец Pathogen);

Замены производятся согласно официальному протоколу исследования CAESAR. Остальные столбцы остаются без изменений.

После успешной загрузки файла, нажмите кнопку Convert Caesar to AMRcloud. По окончании процесса конвертации на странице появится отчет о проделанных манипуляциях. Отчет содержит перечень кодов антибиотиков и организмов, которые были перекодированы, а также сообщения-предупреждения на которые стоит обратить внимание.

Перекодировка антибиотиков
Перекодировка организмов
Предупреждения

Существует три типа предупреждений:

  1. Предупреждение No translation has been found for antibiotic [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код антибиотика со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание. В данном примере код антибиотика пропущен, так как в конце файла присутствует пустая строка.
  2. Предупреждение No translation has been found for pathogen [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код организма со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание. В данном примере код антибиотика пропущен, так как в конце файла присутствует пустая строка.
  3. Предупреждение Isolate has doubles for antibiotic выводится в случае, когда для одного изолята присутствует больше одной строки со значением антибиотика одного кода. В качестве идентификатора изолята используется объединение полей HospitalID_LaboratoryCode_IsolateID_PatientID.

Скачивание файла

Для получения сконвертированного файла, готового к загрузке в AMRcloud, нажмите кнопку Download.

Данный файл может быть использован Вами для создания проектов и наборов данных в AMRcloud. Руководство по загрузке файлов в AMRcloud доступно по ссылке.

Из AMRcloud в CAESAR

Подготовка

Чтобы получить файл из AMRcloud нужно:

  1. Выбрать набор данных, который вы хотите выгрузить и нажать кнопку Редактировать набор данных;
Выбор набора данных
  1. Перейти на вкладку Скачать, установить кодировку UTF-8 и скачать нужные вам данные.
Скачивание набора данных

Для получения таблицы в формате CAESAR необходимо “свернуть” таблицу AMRcloud таким образом, чтобы в одной строке содержалась информация по одному антибиотику. Пример такой таблицы приводится ниже.

Пример файла в формате CAESAR

Для конвертации файла, перейдите по ссылке https://public.amrcloud.net/caesar.

Загрузка файла

Для загрузки файла нажмите на кнопку Choose file и выберите ваш файл AMRcloud.

Загрузка файла

Загрузка файла начнется автоматически. По окончании загрузки система проверит содержимое файла, попытается его прочитать и выведет предпросмотр на экран. В случае успешной загрузки вы увидите следующее.

Файл успешно загружен

Если вы видите таблицу и кнопку Convert AMRcloud to Caesar. Step 1, значит файл распознался системой.

Если же кнопки нет и таблица представляет собой список строк, значит файл не соответствует заданному формату. Попробуйте пересохранить его в формате CSV, разделитель точка с запятой, кодировка UTF-8. Еще одной причиной ошибки может быть отсутствие обязательных столбцов в файле формата AMRcloud — столбцов с антибиотиками с суффиксами _dd, _mic, _etest_mic, _sir. Если нет ни одного такого столбца — файл считается некорректным.

Некорректный файл

Конвертация файла. Часть 1

Чтобы приступить к конвертации нажмите кнопку Convert AMRcloud to Caesar. Step 1.

Конвертация. Шаг 1

На первом этапе необходимо сопоставить поля оригинального файла AMRcloud с полями файла в формате CAESAR. Полное описание полей можно найти в официальном протоколе исследования CAESAR.

Для нас наиболее важно указать какой столбец собержит имена организмов. В нашем случае, это MICROORGANISM. Остальные поля сопоставляем по своему усмотрению. Если поле сопоставлять не требуется, можно оставить выпадающий список пустым.

Сопоставление полей AMRcloud и CAESAR

После того, как поля сопоставлены, можно переходить непосредственно к конвертации файла.

Конвертация файла. Часть 2

Для преобразования файла нажмите кнопку Convert AMRcloud to Caesar. Step 2. По окончании процесса конвертации на странице появится отчет о проделанных манипуляциях. Отчет содержит перечень кодов антибиотиков, организмов и материалов, которые были перекодированы, а также сообщения-предупреждения на которые стоит обратить внимание.

Перекодировка антибиотиков
Перекодировка организмов
Перекодировка материалов
Предупреждения

Существует три типа предупреждений:

  1. Предупреждение No Antibiotic code found for [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код антибиотика со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание.
  2. Предупреждение No Specimen code found for [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код материала со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание.
  3. Предупреждение No Pathogen code found for [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код организма со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание.

Скачивание файла

Для получения сконвертированного файла нажмите кнопку Download.