Импорт данных из AMRcloud в систему годовых отчетов

Руководство рассказывает о том, как имеющиеся у вас данные в AMRcloud можно использовать для заполнения отчета в системе годовых отчетов для главного внештатного специалиста Министерства здравоохранения Российской Федерации по клинической микробиологии и антимикробной резистентности ( specialist.antibiotic.ru).

Выгрузка данных из AMRcloud

Предполагается, что у вас уже есть данные по микробиологическим исследованиям за год, загруженные в какой-либо из наборов данных AMRcloud.

Выберите нужный набор и нажмите кнопку Редактировать набор данных.

Перейдите на вкладку Скачать. Выберите пункт Windows (кириллица) если вы планируете использовать MS Excel для работы с таблицей. Поскольку для системы годовых отчетов важны данные о резистентных изолятах, нам нужно выгрузить уже интерпретированные данные, для этого нажмите кнопку Скачать исходные данные.

В результате будет скачан ZIP-архив с файлом. В архиве будет файл CSV, его необходимо открыть в MS Excel.

Подготовка таблицы для загрузки в систему годовых отчетов

Чтобы файл корректно обработался системой годовых отчетов, необходимы следующие условия:

• Столбец с клиническим материалом должен назваться Материал;
• Столбец с видом организма должен называться Организм;
• Написание материалов и видов организмов должны совпадать с таковыми в справочниках системы годовых отчетов;
• Итоговая таблица должна быть сохранена в формате Excel (xlsx);
• Файл Excel должен содержать только один лист с данными.

Для этого открываем скачанный файл CSV, находим в нем столбцы с клиническим материалом и видом организма и переименовываем. Порядок столбцов и регистр букв не важен.

При необходимости можно заменить написание клинических материалов и видов организмов, чтобы они соответствовали таковым в системе годовых отчетов. При импорте заполняется только информация по интересующим систему материалам и организмам, все остальные игнорируются.

Перечень допустимых названий клинических материалов:

• Аспират синуса/промывные воды синуса
• Биоптат (слизистая оболочка желудка)
• Другие
• Кровь
• Ликвор
• Мазок из глотки
• Мокрота, БАЛ, ЭТА, плевральная жидкость
• Моча
• Соскоб из уретры
• Соскоб из цервикального канала
• Фекалии

Перечень допустимых названий видов микроорганизмов:

• Acinetobacter baumannii
• Bordetella pertussis/parapertussis
• Campylobacter spp.
• Candida albicans
• Candida spp. (кроме C. albicans)
• Chlamydia trachomatis
• Chlamydophila pneumoniae
• Clostridium difficile
• Corynebacterium diphtheriae
• Enterococcus faecalis
• Enterococcus faecium
• Escherichia coli
• Haemophilus influenzae
• Helicobacter pylori
• Herpes simplex virus type 1,2
• Human herpes virus type 4 (Epstein-Barr virus)
• Human herpes virus type 5 (Cytomegalovirus)
• Human herpes virus type 6
• Human papilloma virus
• Klebsiella pneumoniae
• Legionella spp.
• Listeria monocytogenes
• Moraxella catarrhalis
• Neisseria gonorrhoeae
• Neisseria meningitidis
• Pseudomonas aeruginosa
• Salmonella spp.
• Shigella spp.
• Staphylococcus aureus
• Streptococci групп B, C, G
• Streptococcus pneumoniae
• Streptococcus pyogenes (сг А)
• Trichomonas vaginalis
• Ureaplasma urealyticum

При необходимости можно объединять схожие категории в одну (например все отдельные материалы Мокрота, БАЛ, ЭТА, плевральная жидкость можно объединить в одну категорию, также как и все Candida, отличные от Candida albicans), воспользоваться функциями фильтров, поиска и замены.

После того, как данные подготовлены нужно сохранить файл из формата CSV в формат Excel. Для этого выбираем меню Файл -> Сохранить как -> В диалоге сохранения файла выбираем Книга Excel (xlsx).

Полученный файл готов для загрузки в систему годовых отчетов.

Загрузка данных в систему годовых отчетов

С помощью данного файла можно заполнить данные по двум разделам отчета:

• Микробный пейзаж
• Резистентность

В каждом из этих разделов в режиме редактирования есть соответствующая кнопка Загрузить файл AMRcloud.

Стоит отметить, что в разделе Микробный пейзаж нужно загрузить отдельный файл для каждого из нужных методов. Соответственно, если у вас в одном файле содержатся данные по всем трем методам исследований, необходимо разделить таблицу на три части и сохранить каждую в отдельный файл.

При нажатии кнопки Загрузить файл AMRcloud появится диалог, который еще раз напомнит о требованиях к загружаемому файлу и предупредит, что все внесенные ранее данные по микробному пейзажу будут перезаписаны новыми данными из файла AMRcloud. Для загрузки файла нажмите кнопку Импортировать файл AMRcloud и выберите нужный файл.

В случае успешной загрузки вы увидите суммарные данные в форме отчета.

При необходимости вы можете отредактировать, удалить или добавить новые данные вручную.

В разделе Резистентность загрузка происходит полностью аналогично.

Стоит только отметить, что для подсчета количества резистентных изолятов используются столбцы с названиями антибиотиков и постфиком _sir.

Перечень антибиотиков, для которых формируется отчет приведен ниже:

• cefepime
• cefotaxime
• ceftazidime
• ceftazidime-avibactam
• ciprofloxacin
• ertapenem
• erythromycin
• imipenem
• levofloxacin
• linezolid
• meropenem
• moxifloxacin
• norfloxacin
• oxacillin-cefoxitin
• oxacillin-screen
• penicillin
• vancomycin

Пример результата загрузки файла AMRcloud в раздел отчета Резистентность приведен ниже.

При необходимости вы можете также отредактировать, удалить или добавить новые данные вручную.