Конвертация CAESAR <=> AMRcloud

Руководство «Конвертация CAESAR <=> AMRcloud» рассказывает о следующем:

как имеющиеся у вас данные, готовые для репортирования в рамках исследования CAESAR, подготовить для загрузки в онлайн-платформу AMRcloud.
как имеющиеся у вас данные, загруженные в AMRcloud, подготовить для репортирования в рамках исследования CAESAR.

Из CAESAR в AMRcloud

Подготовка

Таблица в формате CAESAR представляет собой CSV файл (разделитель - точка с запятой), в котором информация по одному изоляту содержится в в нескольких строках.

Для формата AMRcloud необходимо преобразовать таблицу таким образом, чтобы в одной строке содержалась информация по одному изоляту.

Для конвертации файла, перейдите по ссылке https://public.amrcloud.net/caesar.

Загрузка файла

Для загрузки файла нажмите на кнопку Choose file и выберите ваш файл CAESAR.

Загрузка файла начнется автоматически. По окончании загрузки система проверит содержимое файла, попытается его прочитать и выведет предпросмотр на экран. В случае успешной загрузки вы увидите следующее.

Если вы видите таблицу и кнопку Convert Caesar to AMRcloud, значит файл распознался системой.

Если же кнопки нет и таблица представляет собой список строк, значит файл не соответствует заданному формату. Попробуйте пересохранить его в формате CSV, разделитель точка с запятой, кодировка UTF-8. Еще одной причиной ошибки может быть отсутствие обязательных столбцов в файле формата CAESAR — если хотя бы один столбец отсутствует, файл считается некорректным.

Конвертация

Процесс конвертации файла заключается в “разворачивании” таблицы и замене кодов CAESAR на обозначения, понятные AMRcloud. Такие замены производятся для:

Антибиотиков (столбец Antibiotic);
Организмов (столбец Pathogen);

Замены производятся согласно официальному протоколу исследования CAESAR. Остальные столбцы остаются без изменений.

После успешной загрузки файла, нажмите кнопку Convert Caesar to AMRcloud. По окончании процесса конвертации на странице появится отчет о проделанных манипуляциях. Отчет содержит перечень кодов антибиотиков и организмов, которые были перекодированы, а также сообщения-предупреждения на которые стоит обратить внимание.

Существует три типа предупреждений:

Предупреждение No translation has been found for antibiotic [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код антибиотика со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание. В данном примере код антибиотика пропущен, так как в конце файла присутствует пустая строка.
Предупреждение No translation has been found for pathogen [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код организма со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание. В данном примере код антибиотика пропущен, так как в конце файла присутствует пустая строка.
Предупреждение Isolate has doubles for antibiotic выводится в случае, когда для одного изолята присутствует больше одной строки со значением антибиотика одного кода. В качестве идентификатора изолята используется объединение полей HospitalID_LaboratoryCode_IsolateID_PatientID.

Скачивание файла

Для получения сконвертированного файла, готового к загрузке в AMRcloud, нажмите кнопку Download.

Данный файл может быть использован Вами для создания проектов и наборов данных в AMRcloud. Руководство по загрузке файлов в AMRcloud доступно по ссылке.

Из AMRcloud в CAESAR

Подготовка

Чтобы получить файл из AMRcloud нужно:

Выбрать набор данных, который вы хотите выгрузить и нажать кнопку Редактировать набор данных;

Перейти на вкладку Скачать, установить кодировку UTF-8 и скачать нужные вам данные.

Для получения таблицы в формате CAESAR необходимо “свернуть” таблицу AMRcloud таким образом, чтобы в одной строке содержалась информация по одному антибиотику. Пример такой таблицы приводится ниже.

Для конвертации файла, перейдите по ссылке https://public.amrcloud.net/caesar.

Загрузка файла

Для загрузки файла нажмите на кнопку Choose file и выберите ваш файл AMRcloud.

Если вы видите таблицу и кнопку Convert AMRcloud to Caesar. Step 1, значит файл распознался системой.

Если же кнопки нет и таблица представляет собой список строк, значит файл не соответствует заданному формату. Попробуйте пересохранить его в формате CSV, разделитель точка с запятой, кодировка UTF-8. Еще одной причиной ошибки может быть отсутствие обязательных столбцов в файле формата AMRcloud — столбцов с антибиотиками с суффиксами _dd, _mic, _etest_mic, _sir. Если нет ни одного такого столбца — файл считается некорректным.

Конвертация файла. Часть 1

Чтобы приступить к конвертации нажмите кнопку Convert AMRcloud to Caesar. Step 1.

На первом этапе необходимо сопоставить поля оригинального файла AMRcloud с полями файла в формате CAESAR. Полное описание полей можно найти в официальном протоколе исследования CAESAR.

Для нас наиболее важно указать какой столбец собержит имена организмов. В нашем случае, это MICROORGANISM. Остальные поля сопоставляем по своему усмотрению. Если поле сопоставлять не требуется, можно оставить выпадающий список пустым.

После того, как поля сопоставлены, можно переходить непосредственно к конвертации файла.

Конвертация файла. Часть 2

Для преобразования файла нажмите кнопку Convert AMRcloud to Caesar. Step 2. По окончании процесса конвертации на странице появится отчет о проделанных манипуляциях. Отчет содержит перечень кодов антибиотиков, организмов и материалов, которые были перекодированы, а также сообщения-предупреждения на которые стоит обратить внимание.

Существует три типа предупреждений:

Предупреждение No Antibiotic code found for [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код антибиотика со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание.
Предупреждение No Specimen code found for [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код материала со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание.
Предупреждение No Pathogen code found for [] выводится в том случае, когда конвертеру не удалось сопоставить код организма со словарем. Если код не сопоставлен, используется оригинальное написание.

Скачивание файла

Для получения сконвертированного файла нажмите кнопку Download.

Обновлено 25 марта 2022