Экспорт из VITEK 2 в AMRcloud

Руководство «Экспорт из Vitek в AMRcloud» рассказывает о том, как имеющиеся у вас данные из анализатора Vitek 2 подготовить для загрузки в онлайн-платформу AMRcloud.

Как загрузить полученный файл подробно описано в Руководстве «AMRcloud. Импорт данных»

Экспорт из VITEK 2

Экспортировать можно только изоляты, перешедшие в неактивную область.

Время перехода изолятов в неактивную область выставляется в общих настройках. По умолчанию – 14 дней.

Незавершенные изоляты (требующие проверки или ввода информации о микроорганизме или пациенте) не переходят в неактивную область. Их необходимо перевести в статус Завершенные.

В главном окне программы нажать на кнопку Инструменты и выбрать Экспорт неактивных изолятов.

В открывшемся окне выставить диапазон дат, поставить галочки на МИК, Фенотип, Подробная информация о карте. При необходимости выбрать другие параметры. Нажать на кнопку Экспорт (верхний правый угол диск со стрелкой).

В открывшемся окне нажать Да.

В диалоговом окне выбрать расположение и ввести имя файла. Нажать Экспорт неактивных изолятов.

Дождаться сообщения об окончании экспорта.

Полученный файл необходимо пропустить через конвертер в AMRcloud.

Онлайн-конвертер

Подготовка

Файл с изолятами из VITEK 2 представляет собой текстовый файл (*.txt), разделитель полей - запятая.

Для конвертации файла, перейдите по ссылке https://public.amrcloud.net/vitek.

Загрузка файла

Для загрузки файла нажмите на кнопку Choose file и выберите ваш файл VITEK 2.

Загрузка файла начнется автоматически. По окончании загрузки система проверит содержимое файла, попытается его прочитать и выведет предпросмотр на экран. В случае успешной загрузки вы увидите следующее.

Если вы видите таблицу и кнопку Convert, значит файл распознался системой.

Конвертация

Процесс конвертации файла заключается в замене кодов антибиотиков и организмов VITEK 2 на обозначения, понятные AMRcloud.

В результате к таблице добавляются следующие столбцы:

• AMRCLOUD_ID - искусственно созданный уникальный идентификатор строки в таблице
• AMRCLOUD_ORGANISM_ID - перекодированные названия видом микроорганизмов, которые корректно воспримет AMRcloud для простановки интерпретаций данных чувствительности.

Дополнительно производится объединение значений нескольких столбцов маркеров резистентности в один столбец, начинающийся с кода AMRCLOUD_MARKER_. Также конвертер удаляет столбцы с персональными данными - PATIENT NAME, PATIENT ID, PATIENT LOCATION, LAB ID.

После успешной загрузки файла, нажмите кнопку Convert. По окончании процесса конвертации на странице появится отчет о проделанных манипуляциях. Отчет содержит перечень кодов антибиотиков и организмов, которые были перекодированы, а также сообщения-предупреждения на которые стоит обратить внимание.

Если при анализе файла возникли ошибки, дальнейшая конвертация невозможна. Необходимо исправить файл.

Возможные ошибки:

1. Ошибка Column [BAR CODE] not found. File has no Identity column означает, что не удалось найти столбец BAR CODE с уникальным идентификатором изолята. Необходимо добавить его в исходный файл, либо переименовать существующий столбец с идентификатором.
2. Ошибка Column [ORGANISM CODE] not found. File has no Organism column означает, что не удалось найти столбец ORGANISM CODE с кодом микроорганизма изолята. Необходимо добавить его в исходный файл, либо переименовать существующий столбец с кодами.

Существуют следующие виды предупреждений:

1. Предупреждение Column [AM-АМПИЦИЛЛИН] looks like antibiotic, but has some non-MIC values выводится в том случае, когда конвертер обнаруживает в столбце с антибиотиком любые нечисловые значения. Название столбца при этом все равно приводится к формату AMRcloud, значения остаются неизменными.
2. Предупреждение Column AMRCLOUD_MARKER_АМИНОГЛИКОЗИДЫ added информирует о том, что конвертер обнаружил столбцы со значениями Аминогликозиды и создал новый столбец с объединенными значениями по аминогликозидам.
3. Предупреждение Isolate with [BAR CODE]=1234567890 has 2 rows выводится в том случае, когда конвертер обнаружил, что изолят с уникальным идентификатором BAR CODE встречается несколько раз в файле. Рекомендуется исключить дубли из анализа.
4. Предупреждение Column [AM-АМПИЦИЛЛИН] has no values выводится когда в столбце с антибиотиком не обнаружено значений.
5. Предупреждение Columns with identical names have been enumerated выводится когда при заменах названий столбцов с антибиотиками образовались одинаковые имена. В таком случае столбцы нумеруются по порядку.
6. Предупреждение No translation has been found for organism [CODE] выводится когда конвертеру не удалось сопоставить код микроорганизма из столбца ORGANISM CODE со словарем. В таком случае название данного микроорганизма рекомендуется заменить вручную.

Скачивание файла

Для получения сконвертированного файла, готового к загрузке в AMRcloud, нажмите кнопку Download.

Данный файл может быть использован Вами для создания проектов и наборов данных в AMRcloud. Руководство по загрузке файлов в AMRcloud доступно по ссылке.

Оффлайн-конвертер

Возможна конвертация из формата VITEK 2 в формат AMRcloud и без использования интернета. Для этого необходимо воспользоваться оффлайн-конвертером.

Подготовка

Файл с изолятами из VITEK 2 представляет собой текстовый файл (*.txt), разделитель полей - запятая.

Установка

Для установки программы AMRcloud Vitek Converter скачайте его по ссылке.

AMRcloudVitekConverter.msi

Если на компьютере не установлен .NET Framework 4, установщик предложит его скачать. По умолчанию программа устанавливается в папку Документы\AMRsolution\AMRcloud Vitek Converter\

Работа с программой

Окно программы после запуска выглядит следующим образом.

Для выбора файла VITEK нажмите кнопку Open File, либо выберите меню File → Open Vitek File.

После выбора файла нажмите кнопку Read File, либо меню File → Read Vitek File. Должна появиться таблица. Если таблица не появилась, возможно форматирование файла отличается от стандартного и нужно выбрать другой тип разделителя. Переключатель типа разделителя расположен между кнопками Open File и Read File. По умолчанию используется разделитель запятая.

Далее необходимо указать, в каких столбцах содержится идентификатор изолята и код организма. По умолчанию считается, чтобы идентификатор хранится в столбце BAR CODE, а код организма в столбце ORGANISM CODE и эти значения менять не требуется.

При желании вы можете задать дополнительные параметры трансформации:

• Флажок Generate Unique IDs позволяет добавить к файлу новый столбец AMRCLOUD_ID с новым сгенерированным уникальным идентификатором.
• Флажок Concatenate Markers позволяет объединенить значения нескольких столбцов маркеров резистентности в один столбец, начинающийся с кода AMRCLOUD_MARKER_.

В результате к таблице добавляются следующие столбцы:

• AMRCLOUD_ID - искусственно созданный уникальный идентификатор строки в таблице
• AMRCLOUD_ORGANISM_ID - перекодированные названия видом микроорганизмов, которые корректно воспримет AMRcloud для простановки интерпретаций данных чувствительности.
• AMRCLOUD_MARKER_ - объединенные значения маркеров резистентности

Для запуска процесса конвертации нажмите кнопку Convert.

По окончании процесса конвертации на странице появится отчет о проделанных манипуляциях. Отчет содержит перечень кодов антибиотиков и организмов, которые были перекодированы, а также сообщения-предупреждения на которые стоит обратить внимание.

По умолчанию сконвертированный файл сохраняется в папку Документы\AMRsolution\AMRcloud Vitek Converter\Converted. Открыть сконвертированный файл можно с помощью кнопки Open converted file.

Возможные ошибки:

1. Ошибка Column [BAR CODE] not found. File has no Identity column означает, что не удалось найти столбец BAR CODE с уникальным идентификатором изолята. Необходимо добавить его в исходный файл, либо переименовать существующий столбец с идентификатором.
2. Ошибка Column [ORGANISM CODE] not found. File has no Organism column означает, что не удалось найти столбец ORGANISM CODE с кодом микроорганизма изолята. Необходимо добавить его в исходный файл, либо переименовать существующий столбец с кодами.

Существуют следующие виды предупреждений:

1. Предупреждение Column [AM-АМПИЦИЛЛИН] looks like antibiotic, but has some non-MIC values выводится в том случае, когда конвертер обнаруживает в столбце с антибиотиком любые нечисловые значения. Название столбца при этом все равно приводится к формату AMRcloud, значения остаются неизменными.
2. Предупреждение Column AMRCLOUD_MARKER_АМИНОГЛИКОЗИДЫ added информирует о том, что конвертер обнаружил столбцы со значениями Аминогликозиды и создал новый столбец с объединенными значениями по аминогликозидам.
3. Предупреждение Isolate with [BAR CODE]=1234567890 has 2 rows выводится в том случае, когда конвертер обнаружил, что изолят с уникальным идентификатором BAR CODE встречается несколько раз в файле. Рекомендуется исключить дубли из анализа.
4. Предупреждение Column [AM-АМПИЦИЛЛИН] has no values выводится когда в столбце с антибиотиком не обнаружено значений.
5. Предупреждение Columns with identical names have been enumerated выводится когда при заменах названий столбцов с антибиотиками образовались одинаковые имена. В таком случае столбцы нумеруются по порядку.
6. Предупреждение No translation has been found for organism [CODE] выводится когда конвертеру не удалось сопоставить код микроорганизма из столбца ORGANISM CODE со словарем. В таком случае название данного микроорганизма рекомендуется заменить вручную.

Работа со справочниками

Программа содержит предустановленные справочники антибиотиков и организмов, согласно которым осуществляется конвертация. При необходимости вы можете вносить в них изменения с помощью меню Dictionaries.

Справочники подразделяются на глобальные и пользовательские. Глобальные содержат предустановленные стандартные значения перекодировки. Пользовательские справочники могут переопределять коды глобальных. Поэтому рекомендуется вносить изменения именно в пользовательские справочники.

Работу с ними рассмотрим на примере справочника организмов. Для этого выберите меню Dictionaries → User’s organisms.

Окно справочника выглядит следующим образом.

Для ввода данных достаточно дважды кликнуть на ячейку таблицы и ввести текст. Подтверждение ввода осуществляется клавишей Enter. Добавление новых записей осуществляется с помощью строки, помеченной звездочкой. Сохранить изменения можно с помощью кнопки Save. Кнопка Reload позволяет перезагрузить таблицу заново, тем самым сбросить несохраненные изменения.

Кнопка Import позволяет упростить заполнение справочника. При нажатии появляется текстовое окно, куда можно скопировать таблицу с кодами из Excel. По нажатии кнопки OK они будут добавлены в справочник.

Кнопка Export позволяет сохранить значения справочника в файл формата Excel.

Справочники Complex antibiotics replacement и Custom antibiotics replacement

Особенность данных справочников в том, что они содержат правила для перекодировки значений МПК для комбинированных антибиотиков.

Для описания такого перекодирования необходимо пары значений записать через символ равно (=) , разделителем пар служит запятая.

В качестве примера приводится запись для антибиотика SXT-Триметоприм/cульфаметоксазол. Для словаря использовались следующие справочные данные.

Vitek	trimethoprim, mg/L	sulfamethoxasole, mg/L
2,5	0,125	2,375
5	0,25	4,75
10	0,5	9,5
20	1	19
40	2	38
80	4	76
160	8	152
320	16	304
640	32	608
1280	64	1216
2560	128	2432
5120	256	4864
10240	512	9728